La mortalidad de la enterocolitis necrosante es inversamente proporcional al peso y a la edad de gestación. Varía entre el 15 y el 30%. Los que requieren tratamiento quirúrgico y tienen un peso por debajo de 1000g. Presentan un porcentaje superior al 50% de mortalidad. Un gran porcentaje presenta secuelas digestivas en forma de estenosis, esta parte suele necesitar tratamiento quirúrgico posterior. El síndrome del intestino corto es otra de las secuelas más importantes que pueden aparecer.
Esta patología constituye un factor de peligro neurológico y sensorial en niños prematuros que se agrava cuanto menor sea el peso.
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