Según el tipo de queratitis del que se trate, el pronóstico variará, si se trata de una queratitis por infección viral el paciente reaccionará bien a la terapia. Las infecciones por herpes son más graves y puede disminuir la visión del ojo y hasta ser necesario del trasplante de córnea, aunque el 95% de los casos tan solo necesitan terapia apropiada para curar.
La queratitis por el uso prolongado de lentillas tiene un pronóstico favorable aunque si se produce ulceración puede afectar a la visión y ser necesario un trasplante de córnea para prevenir su rotura.
En la siguiente gráfica se muestra el porcentaje de queratitis que aparecen según la enfermedad relacionada:
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