La cistitis tiene que ser tratada con antibióticos (amoxicilina, trimetroprim, ampicilina, el grupo "quinolonas"...), si es provocada por bacterias, o con antivirales (como el aciclovir) si es producida por un virus. Para seleccionar el adecuado, el médico debería realizar una prueba de sensibilidad y así conseguir descubrir cual tratamiento es el más efectivo para el tipo de bacteria o virus que está generando la infección urinaria. Además, también se deberá saber si el paciente sufre alguna enfermedad que retrasará la curación de la cistitis, como son: diabetes, alteraciones nerviosas o disminución de defensas.
Aquellos pacientes que sufren infecciones por Chlamydia o Micloplasma tienen que seguir un tratamiento más largo con tetraciclina o una combinación entre trimetroprim y sulfametoxazol. Un análisis posterior determinará que el tracto urinario está libre de gérmenes. Por otra parte, los pacientes que presenten infecciones graves de riñones deben ser hospitalizados hasta que puedan tomar líquidos y medicamentos por su cuenta.
Si la infección se debe a una anomalía o una obstrucción del tracto urinario, provocado por una piedra por ejemplo, se debe recurrir a la cirugía. Una técnica para destruir las piedras por ondas de choque es la litroticia.
Unos consejos que se pueden tener en cuenta son: beber grandes cantidades de agua, dejar de fumar (el tabaco está muy relacionado con el cáncer de vejiga), dejar de tomar café, alcohol y comidas con especias mientras la infección se mantenga.
Por último, en cuanto a la eliminación de los síntomas, los medicamentos que se centran en esto son, ante todo, la atropina y la fenazopiridina.
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