Debido a lo reciente que es esta enfermedad no existen fármacos específicos para combatirla o que sean eficaces contra las recidivas (nuevas apariciones), por lo tanto el pronóstico es algo incierto y varía dependiendo del estado de la persona.
A pesar de esta dolencia el paciente puede llevar una vida normal sin verse incapacitado generalmente.
El pronóstico varía dependiendo del tiempo transcurrido entre la aparición de la enfermedad y el diagnóstico de la misma, lo que se haya podido extender en ese período de tiempo, la gravedad de los brotes, las posibles complicaciones y el tratamiento quirúrgico puesto en marcha.
Existe un riesgo asociado a esta enfermedad de padecer cáncer de colon que aumenta progresivamente cuando se cumplen los 10 años del diagnóstico de la colitis. Por este motivo es recomendable la realización de biopsias periódicas y un seguimiento endoscópico.
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